Un Jōnin es un shinobi de Nivel Alto muy calificado. Para convertirse en Jōnin el Ninja en cuestión ha de tener control sobre un mínimo de dos tipos de naturalezas del chakra o tener una especialidad referido a algún tipo de técnicas, pero se sabe que los ninjas de este rango tienen la posibilidad de continuar haciendo misiones con otros ninjas de grado alto, formar un grupo con 3 Genin a su responsabilidad, o entrar en el ANBU. A estos Ninja son los únicos a los que se les puede confiar una misión rango A o S, que suelen ser de alto peligro como asesinatos o espionaje de una aldea rival.
También existen los Tokubetsu Jōnin quienes son ninjas especialistas en ciertas ramas.
Jonin de Konoha[]
- Kakashi Hatake: Es un Jōnin de Konoha, un ex-ANBU y el líder del Equipo Kakashi. Es conocido mundialmente por su uso del Sharingan, lo que le valió el apodo de "Kakashi el Ninja que Copia"
- Asuma Sarutobi: Era el hijo del difunto Hiruzen Sarutobi y tío de Konohamaru, fue también el líder Jōnin del Equipo Asuma. Su estilo de Chakra era Viento y Fuego, y está especializado en Taijutsu con arma blanca. Murió asesinado por Hidan.
- Kurenai Yuhi: Es la Jōnin a cargo del Equipo Kurenai. Está especializada en Genjutsu y en la actualidad no puede ejercer misiones debido a su embarazo.
- Maito Gai: Es el Jōnin a cargo del Equipo Gai. Esta especializado en un Taijutsu de golpes fuertes y conoce una serie de técnicas prohibidas de Taijutsu .
- Neji Hyūga: Descendiente del Clan Hyūga por lo que posee el Byakugan y el Juken, demuestra un exelente dominio de esta disciplina.
- Chōza Akimichi: Padre de Chōji Akimichi, posee las habilidades del Clan Akimichi, lo que lo hace un experto en Taijutsu de medio alcance.
- Hiashi Hyūga: Líder del Clan Hyūga. Poseedor de las habilidades de éste Clan, conoce los jutsus específicos de la rama principal de la familia.
- Shikaku Nara: Padre de Shikamaru Nara, es el representante de los Jounin . Domina el control de las sombras y posee una alta inteligencia.
- Inoichi Yamanaka: Padre de Ino Yamanaka , posee la habilidad de intercambiar su mente con los enemigos y de confundirlos. Es el líder de su clan.
- Shizune: Ninja médico, ayudante de la Hokage Tsunade. Utiliza agujas y veneno en batalla, posee un extenso conocimiento sobre la medicina y es parte del cuerpo médico de los hospitales.
- Hizashi Hyūga: Fue miembro del Clan Hyuga y padre de Neji. Poseedor de las habilidades de éste Clan, conocía los jutsus específicos de la rama secudarias de la familia.
- Dan Katō: Era el tío de Shizune y novio de Tsunade.
- Anko Mitarashi: Alumna de Orochimaru. Tambien tiene el sello maldito. Al igual que su ex-maestro usa tecnicas de serpientes
- Fugaku Uchiha: Era un Jōnin de gran capacidad y nivel y además miembro del Clan Uchiha . Poseía el Sharingan, también se sabe que dominaba muy bien el elemento Fuego
- Mikoto Uchiha: Se sabe poco sobre su vida como Kunoichi pero tuvo que ser una ninja muy ágil ya que fue promovida al nivel jonin
- Homura Mitokado: No se sabe de su historial como ninja pero se sabe que fue lo suficientemente inteligente,leal y fuerte para haberlo hecho un miembro del Consejo de Konoha.
- Yamato: Es un ninja que domina el Mokuton, tras un experimento de Orochimaru , el cual era inyectar el ADN de Hashirama en él.
- Fū Yamanaka: Fue un ninja perteneciente a Raíz que dominaba con perfección las técnicas esenciales del clan Yamanaka además fue guardaespaldas de Danzō Shimura en la Reunión de los Cinco Kages.
Jonin de la Arena[]
- Temari: Fundadora de la Academia Ninja de Sunagakure. Maneja el estilo Viento, y posee un Abanico y hermana del Kazekage.
- Kankurō: Fundador de la Academia Ninja de Sunagakure. Es un marionetista, poseedor de 4 marionetas, se sabe que puede manejar a 3 de ellas a la vez, y hermano del Kazekage.
- Baki: Jōnin a cargo de Temari, Kankurō y Gaara (en la primera parte). Posee el Estilo de Viento, el cual utiliza como una extensión de cuerpo, además de poder endurecer su cuerpo.
- Chiyo: Jōnin retirada, fue una poderosa ninja marionetista; usando diferentes tipos de marionetas y sus mas poderosas las Diez marionetas blancas de Chikamatsu.
- Yura: Jōnin que formó parte del Consejo de Suna durante cuatro años. Poco después, fue controlado por Sasori de Akatsuki para atacar a la villa.
- Satetsu: Jonin al que se le encargó junto con otros ninjas la búsqueda del Cuarto Kazekage después de que Orochimaru le matara. No se conocen sus poderes, pero debía de ser muy hábil para poseer este rango.
- Reki: Se cuenta de que es un jonin muy poderoso con mucha experiencia, aunque aún no la ha mostrado. Formó parte del equipo en busca de Gaara tras su secuestro.
- Otokaze: Fue el primero en encontrar el cadáver del Cuarto Kazekage después del fallido Ataque a Konoha. El avisa con su silbato a sus compañeros que habían estado buscando en el País del Viento en busca del Kazekage.
Jonin de la Nube[]
- Killer Bee: Jinchūriki del Buey Gigante de Ocho Colas. Posee una gran habilidad en la esgrima, y controla el elemento Rayo.
- Darui: Escolta del Raikage. Posee el Estilo de Agua y Rayo, capaz de usar el estilo Tormenta. Además tiene una enorme espada para la batalla.
- C: Escolta del Raikage. Posee el Estilo de Rayo. Es un ninja sensor y ninja médico. Posee habilidad con el Genjutsu, es un ninja hábil fuera de batalla.
- J: Fue un ninja de Kumogakure, que persiguió a Taka despues de su batalla con Killer Bee. Fue asesinado por Sasuke.
- Yugito Nii: Fue la ultima Jinchūriki del Gato Demonio de Dos Colas. Era una kunoichi extremadamente poderosa y altamente calificada. Podía alargar las uñas de sus manos y pies cuando se trataba de Taijutsu, y cuando se trataba de Ninjutsu tenía el elemento Fuego a su favor, como por ejemplo, el jutsu Bola de Pelo de Ratón.
- Mabui: Fue la asistente personal del Cuarto Raikage, murió por la Bomba Bestia con Cola de la Bestia de Diez Colas.
Jonin de la Roca[]
- Kurotsuchi: Es una kunoichi de gran nivel: Fue la escolta del Tsuchikage, y posee el elemento Lava.
- Akatsuchi: Fue escolta del Tsuchikage, y posee el elemento Tierra.
- Taiseki: Un Jōnin que participó en la Tercera Gran Guerra Ninja, poseia una tecnica de camuflage muy efectiva. Fue asesinado por Obito Uchiha.
- Kakkō: Un shinobi de Iwagakure el cual participó en la Tercera Guerra Mundial Shinobi. Este ninja se distingue por poseer un corte tipo afro de cabello color marrón y por sus grandes habilidades en Kenjutsu, Genjutsu y el Ninjutsu.
- Shibito Azuma: Fue un Shinobi de Iwagakure el cual participo en la Tercera Guerra Mundial Shinobi. Este ninja se distingue por tener un pelo corto y negro. Fue derrotado por Minato Namikaze.
Jonin de la Niebla[]
- Ganryū: Es un Jōnin de alto rango de Kirigakure, especializado en Kenjutsu, único superviviente de la Niebla de la Tragedia del Paso de Yosuga, tuvo un gran odio hacía Iwagakure.
- Junsai: Fue asesinado por los ninjas de Iwagakure en la Tragedia del Paso de Yosuga. No se conocen sus habilidades, pero debía de ser muy bueno para ser ninja de alto rango.
- Suiren: Iba en el Equipo de Ganryū, por lo que era una kunoichi muy poderosa, pero se sacrificó por Ganryū para salvarlo de los ninjas de Iwagakure.
- Harusame: Era el maestro del ex-jinchuriki del Rokubi, Utakata que murió tras intentar quitárselo de su alumno.
- Unmo Samidare: Era un jōnin de Kirigakure, Uno era conocido por sus fuertes sentimientos en contra de Konohagakure.
- Raiga Kurosuki: Fue uno de Los Siete Espadachines de la Aldea Oculta de la Niebla, fundador y miembro de la Familia Kurosuki, Su compañero fue Ranmaru y se conoce por sus entre los espadachines de la neblina por su gran manejo con la Espada Kiba.
- Chōjūrō: Es uno de los Siete Espadachines de la Niebla de Kirigakure, porta la Hiramekarei y era Guardespalda del Mizukage.